Description
Les outils de biologie moléculaire (OBMs) regroupent un ensemble de techniques de pointes utilisées pour les analyses biologiques d'organismes vivants et la compréhension des mécanismes de la cellule à l'échelle des molécules. Initialement développés et appliqués en laboratoire, ces outils ont depuis quelques années été appliqués avec succès à différentes problématiques environnementales et sont notamment de plus en plus souvent intégrés aux plans de gestions de sites pollués. Leur succès croissant dans ce domaine réside dans le fait que ces outils fournissent des informations complémentaires et souvent uniques permettant d'optimiser les stratégies de remédiation en améliorant l'efficacité des traitements de remédiation et/ou en diminuant la durée et le coût des traitements.
Cet article propose de faire un tour d'horizon des différents outils de biologie moléculaire disponibles en mettant en avant les avantages et limites de chacun, leurs applications, leur valeur ajoutée, ainsi que le type d'informations fournies et leur interprétation. Bien que non traitées dans cet ouvrage, les étapes amont d'échantillonnage, de conservation de la matrice analysée (sol, eau, sédiment, biofilm...) et d'extraction des biomarqueurs (ADN, ARN, Protéines...) font partie intégrante de la chaîne analytique. La qualité des résultats générés par les analyses de biologie moléculaire dépendant fortement de ces étapes, les protocoles d'échantillonnage et d'extraction doivent être établis avec rigueur. Les méthodes d'échantillonnage (direct vs passif) et d'extraction des différentes molécules utilisées pour les analyses (ADN, ARN, protéines et lipides) étant en constante évolution, une concertation des différents acteurs (gestionnaire, bureau d'étude, laboratoire d'analyses...) est préconisée afin de sélectionner les approches les plus pertinentes pour la matrice considérée (nature de la matrice, quantité de biomasse, présence potentielle d'inhibiteurs, types d'analyses...).
Version 2015
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